Вы можете получить размеры окна следующим образом:
var wWidth = $(window).width();
var wHeight = $(window).height();
тогда вы можете получить размеры вашего всплывающего окна:
var popupWidth = $('#popupId').width();
var popupHeight = $('#popupId').height();
сделать некоторые расчеты:
var popupTop = (wHeight/2) - (popupHeight/2);
var popupLeft = (wWidth/2) - (popupWidth/2);
и окончательно разместите ваше всплывающее окно:
$('#popupId').css({'left': popupLeft, 'top': popupTop});
Я не проверял это, но у вас должна получиться идея поработать.
// редактировать
Кстати, это, вероятно, будет работать так же, как позиционирование CSS. Если вы хотите, чтобы он перемещался по мере перемещения страницы, просто включите код в функцию и вызовите его в событиях при перемещении страницы.