Насколько я знаю, это не поддерживается напрямую через Fluent NHibernate API. Однако вы можете просто добавить его в созданную конфигурацию:
Configuration config = Fluently.Configure()
.Database(...)
.Mappings(m =>
{
...
})
.BuildConfiguration();
config.SetProperty(NHibernate.Cfg.Environment.Hbm2ddlAuto, "validate");