Либо скажите, чтобы он забыл эти файлы:
hg forget XYZ
hg commit ...
Или используйте команду addremove или опцию addremove для фиксации:
hg addremove
Hg commit ...
Или
hg commit --addremove ...
Используйте справку, чтобы найти больше информации об этих командах:
hg help forget
hg help commit