Если я правильно понимаю ваш вопрос, у вас есть функция JS на странице содержимого, которую нужно вызывать с главной страницы?
Что бы я сделал, это добавил бы скрытый элемент управления вводом и функцию оповещения для вашегоглавная страница:
<input runat="server" id="hdnAlert" name="Alert" type="hidden" />
<script type="text/javascript" language="javascript">
function AlertMe(){ alert(document.getElementByID("hdnAlert").value); }
</script>
Затем вы можете изменить значение элемента управления вводом со страницы содержимого:
HtmlInputHidden hdnTemp = new HtmlInputHidden();
hdnTemp = (HtmlInputHidden)Master.FindControl("hdnAlert");
hdnTemp.Value = "Message To Alert";
Затем просто нажмите кнопку на главной странице, чтобы вызвать "AlertMe"Функция находится на главной странице.