Вам просто нужно явно запустить 64-битную версию reg.exe
из %SystemRoot%\sysnative
.
Сначала проверьте, существует ли папка. Если это не так, вы либо работаете в 32-битной системе, либо уже работаете в 64-битном контексте, и вы можете просто запустить версию с %SystemRoot%\system32
как обычно.