Сделать это-
1) Добавить событие -> Startup = "App_Startup" в App.Xaml
2) Добавить обработчик события для "App_Startup" в App.Xaml.cs
3) В «App_Startup» вы можете проверить параметры команды следующим образом -
if (e.Args.Length == 0)
{
MainWindow m = new MainWindow();
m.Show();
}
4) Удалить StartupUri из App.Xaml
Таким образом, WPF GUI будет отображаться только при наличиинет командных аргументов.