Вы должны добавить представление в окно, например так:
UIViewController *rootController = [[MyRootViewController alloc] init];
navigationController = [[UINavigationController alloc]
initWithRootViewController:rootController];
[rootController release];
window = [[UIWindow alloc] initWithFrame:[[UIScreen mainScreen] bounds]];
// *** IMPORTANT DIFFERENCE:
[window addSubview:navigationController.view];
[window makeKeyAndVisible];
Вы добавляете в окно весь экземпляр контроллера представления навигации.
UIWindow является потомкомUIView, поэтому он просто наследует метод addSubview .Ожидается еще один UIView в качестве параметра.