В .NET имеется полное пространство имен шифрования - System.Security.Cryptography ( пример ), поэтому вы можете шифровать / дешифровать данные на клиенте.
Теперь, как хранить ключ к шифру. Это может быть сохранено в app.config в зашифрованном виде, как описано здесь . Обратите внимание, что если пользователь имеет доступ администратора к компьютеру, он может расшифровать ключи, хранящиеся в вашем файле app.config.