Если вы делаете такой коммит, но не переносите свои изменения в любой другой репозиторий, то от него легко избавиться с помощью git-rebase или более мощного git-filter-branch. Тем не менее, похоже, что вы уже отправили эти большие файлы вверх по течению.
Если эти изменения уже были распространены среди множества различных репозиториев, особенно тех, к которым была применена дальнейшая работа, то это может быть трудно очистить, не вызывая сбоев. Если изменения еще не получили широкого распространения, вы можете использовать что-то вроде git-filter-branch для обработки «основного» хранилища (того, которое есть) для удаления больших файлов. Затем замените старый главный репозиторий новым, и продолжайте с этого момента. Вам может потребоваться осторожно перенести изменения из этого нового главного репозитория в существующие репозитории или просто отбросить их и создать новый клон.