Я никогда не сталкивался с этой проблемой при использовании Zend Framework. просто не ссылаться на файл index.php. вот и все. и когда вы даете адрес вашего приложения пользователям, просто скажите им, чтобы перейти к http://base/url/
когда пользователь вводит http://base/url/ его URI запроса равен base / url и ваш файл .htaccess направляет запрос в index.php, но запрос IS базовый / URL . вам не нужно удалять index.php из запроса. потому что его там нет.
когда вы пытаетесь сгенерировать URL для ссылок и форм и ..., используйте встроенный помощник вида url () для генерации ваших ссылок. как это:
// in some view script
<a href="<?php
echo $this->url( array('controller'=>'targetController','action'=>'targetAction') );
?>" >click</a>
Не беспокойтесь о ссылке. Zend сгенерирует для вас URL.