Решение VS обычно содержит один или несколько проектов. У этих проектов есть пространства имен по умолчанию (обычно пространство имен - это просто имя проекта). Обычно, если вы добавляете папку в проект, все классы в ней будут называться следующим образом:
DefaultNamespace.FolderName.ClassName
Конечно, вы можете изменить пространство имен по умолчанию для проекта, и ваши классы будут называться так, как вы хотите.
Что касается того, когда / как разбить материал на проекты, это вопрос опыта и / или предпочтений. Тем не менее, вы должны абсолютно разбить материал на проекты внутри решения, чтобы ваш проект был организованным. Если управление слишком большим количеством сборок становится громоздким (как предположил Блэр), вы всегда можете ILMerge своих сборок в одну сборку. Что хорошо в ILMerge, так это то, что, несмотря на то, что у вас есть только одна сборка, все ваши классы сохраняют свои оригинальные полные имена.
Также важно помнить, что решение VS не имеет никакого отношения к коду - т.е. они не строятся. Решения VS - не что иное, как способ группировать проекты; это проекты, которые создаются и превращаются в библиотеки DLL.
Наконец, VS позволяет добавлять «виртуальные» папки в любом месте решения. Эти папки не сопоставляются с папкой в файловой системе, а просто используются в качестве другого средства, помогающего организовать ваши проекты и другие артефакты в решении.