Я не думаю, что важно, будете ли вы хранить их, в MSMQ или в SQL, или где-то еще - для любого выбранного хранилища потребуется дополнительная служба для удаления из очереди и обработки данных. База данных SQL может иметь некоторые преимущества перед чистым MSMQ, например, вы можете хранить некоторую дополнительную информацию вместе с вашими данными, а затем извлекать некоторую статистику с течением времени, сколько запросов было обработано и какова их внутренняя структура. Это может помочь вам в дальнейшей настройке конвейера обработки.