Экспорт в EPUB приведет к появлению XHTML 1.1. Файл Epub, который генерирует InDesign, представляет собой zip-файл, в котором вы найдете несколько файлов. (По крайней мере) один из них - файл XHTML.
XHTML 1.1, несомненно, будет более простым источником для использования, чем idml, однако вы должны будете убедиться, что экспорт ePub достаточно хорош для начала (страницы не будут выглядеть точно так же, как в InDesign).
Это было бы решением?
Экспорт в EPub поддерживается из InDesign CS4 (опция экспорта на основе JavaScript, за пределами объектной модели, насколько я понимаю, и встроенная опция экспорта, часть объектной модели, из CS5).