Если это только для администрирования сайта, установки настроек для всего приложения (например, заголовка), тогда хорошо хранить в файле, а XML
или JSON
вполне нормально, если вы каким-то образом убедитесь, что файл не доступен двумя людьми одновременно (предотвращение одновременного входа нескольких администраторов сайта устраняет эту проблему).
Если вы хотите, чтобы пользователям было разрешено выбирать свою собственную тему, часовой пояс и т. Д., То лучше сохранить это в базе данных.