Да, это медленнее, поскольку включает переключение контекста и дополнительную работу по копированию данных. Это, например, одна из причин популярности SQLite.
Что касается накладных расходов, «это зависит», но ответ, скорее всего, «недостаточно, чтобы быть проблемой для вас». Как всегда, если вы сомневаетесь, единственное, что нужно сделать, - это попробовать оба способа и сравнить их с профилем.