Сведение к минимуму CSS и JS не должно иметь побочных эффектов, но я уже видел, что раньше я испортил некоторые из моих таблиц стилей. Наилучший подход заключается в том, чтобы включить каждого из них в среду тестирования и убедиться, что все выглядит и работает правильно, а также на наличие ошибок JS. Fooman speedster делает то же самое, что встроено в Magento.
Если вы столкнетесь с какими-либо проблемами, отключите объединение, ваши исходные файлы (JS / CSS) будут сохранены и не будут изменены, они просто обрабатываются и объединяются в новый отдельный файл, поэтому, чтобы ответить на ваш вопрос, это не повредит какие-либо файлы ядра, включив такую функцию.