Установить пакет R XML в Debian / Ubuntu

Question

Я только начинаю работать с Ubuntu и хочу программировать на R. Я успешно установил последнюю версию R (в настоящее время 2.12.2) с терминала.Затем я попытался выполнить следующую команду:

> install.packages("XML")
Installing package(s) into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning in install.packages("XML") :
  'lib = "/usr/local/lib/R/site-library"' is not writable
Would you like to create a personal library
'~/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.12'
to install packages into?  (y/n) 

Должен ли я создать личный каталог или пропустил какой-то шаг, который позволяет мне писать в библиотеку сайта.

Заранее спасибо.

Answer 1

Комментарий sarnold вполне корректен.В пакете Debian (и, следовательно, Ubuntu) каталог /usr/local/lib/R/site-library/ создается скриптом файла /var/lib/dpkg/info/r-base-core.postinst, а соответствующий код:

# edd 03 Apr 2003  cf Section 10.1.2 of Debian Policy
if [ ! -e /usr/local/lib/R ]; then
  if mkdir /usr/local/lib/R 2>/dev/null; then
    chown root:staff /usr/local/lib/R
    chmod 2775 /usr/local/lib/R
  fi
fi
if [ ! -e /usr/local/lib/R/site-library ]; then
  if mkdir /usr/local/lib/R/site-library 2>/dev/null; then
    chown root:staff /usr/local/lib/R/site-library
    chmod 2775 /usr/local/lib/R/site-library
  fi
fi

, поэтому каталог принадлежит root:staffи режима 2775 или «пользователь и группа для чтения-записи, другие только для чтения».

Итак, чтобы написать там, у вас есть два основных варианта:

1. Всегда используйте sudo или станьте root, что неуклюже.

2. Добавьте себя в группу staff.Вероятно, есть удобный графический интерфейс для него;Я Unix old-school и делаю это вручную, редактируя /etc/group и /etc/gshadow - после этого вы можете установить напрямую (ну, вам нужна новая оболочка, чтобы получить эти права, или просто запустить новый терминал).Конечно, вы также можете выбрать другую группу или создать ее, но тогда вам также необходимо изменить дерево каталогов в /usr/local/lib/R/ соответственно.

Надеюсь, это поможет.Список r-sig-debian - это удобное место для вопросов Debian / Ubuntu, подобных этому, и я рекомендую его.Вопрос уже задавался раньше.

Редактировать: Кроме того, достаточное количество (более сложных) пакетов входит в состав Ubuntu / Debian, поэтому для получения XML вы можете просто набрать sudo apt-get install r-cran-xml.Сделайте apt-cache search r-cran, чтобы увидеть, что доступно.

Answer 2

Самый простой вариант - добавить себя в группу пользователей staff.Просто запустите:

sudo adduser <user> staff

Замените <user> своим именем пользователя.

Протестировано в Ubuntu 14.04