В регулярных выражениях группы записываются с использованием парантеза:
Pattern pattern = Pattern.compile("the ([a-z]+) jumped over the ([a-z]+) ");
Если регулярное выражение совпадает, вы можете получить захваченную группу s следующим образом:
String group1 = matcher.group(1);
String group2 = matcher.group(2);