Вы можете взглянуть на yEd , который очень похож на Gephi. Одна вещь, которую я предпочитаю в yEd, это многопанельная компоновка, так что вы можете просматривать уменьшенный график для общей ориентации, большое представление при текущем уровне масштабирования и третью перспективу - блок-схему и стрелку текущего узла и это смежность.