Вы закрывали Eclipse перед запуском 64-битной установки SlikSVN?
У меня изначально была такая же проблема.
Закройте Eclipse, перезапустите установку SlikSVN, выберите «Восстановить установку».
После завершения откройте Eclipse, и тогда у вас должна появиться опция «JavaHL Slik SVN» в Window / Preferences / team / SVN