Вы должны установить политику слияния для каждого экземпляра вашего IndexWriter.
Это означает, что если вы всегда повторно используете один и тот же IndexWriter (который является предпочтительным способом обновления индекса Lucene), установите егодостаточно одного раза, но если вы создаете другой экземпляр IndexWriter, вам необходимо снова установить политику слияния.