SQLite может быть такой колоссальной болью в тылу на Windows, это даже не смешно. Я не могу сказать, что когда-либо имел дело с этой проблемой конкретно, но я имел дело с ресурсами SQLite, которые не распознаются в GAC должным образом. Я потерял 2 полных дня из-за этой проблемы, прежде чем выяснил, что SQL Server 2008 Express Edition установит утилиты SQLite вместе с экземпляром SQL по умолчанию и всем остальным так, чтобы продукты Microsoft с готовностью подхватили его. Я уже установил SQL Server 2008 Professional на мою машину, и установка экспресс-экземпляра ни в коей мере не испортила мою конфигурацию.
Я понимаю, что это полностью обходной путь, но в долгосрочной перспективе лучше всего переместить ссылку dll на папку / Binaries / в необходимых проектах и использовать GAC только для сборок Microsoft. Совершенно очевидно, что большинство третьих сторон не имеют представления о том, как правильно использовать GAC (независимо от того, является ли это их ошибкой или вопрос Microsoft - вопрос, который я оставляю философам), поэтому, если вы не хотите уделять много времени изучению его особенностей, вам лучше использовать папку Binaries.