Поскольку этот вопрос высоко ценится в Google, и несколько лет прошло без ответа, я подумал, что предоставлю альтернативу, которая, вероятно, не существовала в то время. В качестве альтернативы VisualVM, используя Java Mission Control, который теперь поставляется с последней версией JDK, вы можете профилировать и получать номера строк. Номера строк не отображаются по умолчанию. Вы можете отобразить их в Дереве вызовов, щелкнув правой кнопкой мыши по одной из линий дерева и выбрав «Различать кадры по >> номеру строки».