Какие последствия будет иметь для вас любой из этих вариантов в будущем? Например, хотите ли вы иметь несколько скидок или более конкретные скидки позже? Если на один счет будет только одна скидка, я бы не стал усложнять ее больше, чем нужно. На мой взгляд, проще и понятнее иметь его в таблице счетов-фактур - думаю, что иметь его как отрицательный элемент затруднит обработку элементов.