Я обычно использую ksh. Я считаю, что это хороший компромисс между функциями и мобильностью. Он есть (или доступна совместимая версия) на большинстве Linux-систем и Solaris. Прошло довольно много времени с тех пор, как я использовал HP-UX (к счастью), но я почти уверен, что он там тоже был доступен.
Если все машины, которые вам нужно поддерживать, являются современными, возможно, вам подойдет bash. Solaris 10 поставляется с копией. Это значение по умолчанию на большинстве компьютеров с Linux.
Ваш наименьший общий знаменатель будет Борн (ш), так что стоит подумать, не является ли переносимость вашей главной задачей. В нем отсутствуют некоторые из более дружественных функций ksh и bash.
Все еще стоит избегать использования csh / tcsh для сценариев. Программирование Csh считается вредным является старым, но все еще в значительной степени актуальным.