В этом случае вам нужна точная команда:
db.collection.update(
{"_id": ObjectID("4ea062b9271e012227000000")},
{"$unset": [0: true, 1: true]}
);
В php это будет выглядеть так:
$mongoClient = new MongoClient();
$db = $mongoClient->selectDB('your_DB_name');
$collection = new MongoCollection($db, 'your_collection_name');
$collection->update(
['_id' => new MongoId("4ea062b9271e012227000000")],
['$unset' => [
0 => true,
1 => true
]]
);