Этот пост может вам помочь.
В общем, вы ищете способ двоичного сравнения нового файла со старым файлом, а затем вырезания только измененных байтов, сжатия их, передачи их в другую систему, распаковки и вставки их в файл по адресу соответствующие места. Похоже, вам понадобится приложение, работающее на каждом конце (возможно, одно и то же приложение, если вы хотите, чтобы оно работало в обоих направлениях).