У меня была такая же проблема на Windows Server 2012 R2. После попытки изменить владельца или группу или даже права доступа к файлу он по-прежнему отображал исходные значения и игнорировал мои настройки.
После прочтения Права доступа к файлу ,
Права доступа к файлу
В NTFS и если для монтирования не указана опция монтирования noacl
К тому же, Cygwin устанавливает права доступа к файлам, как в системах POSIX.
Я понял, что для точек монтирования была установлена опция noacl :
$ mount
C:/cygwin/bin on /usr/bin type ntfs (binary,noacl)
C:/cygwin/lib on /usr/lib type ntfs (binary,noacl)
C:/cygwin on / type ntfs (binary,noacl)
C: on /cygdrive/c type ntfs (binary,posix=0,user,noumount,noacl,auto)
Поэтому я удалил параметр noacl из точек монтирования в /etc/fstab
и закрыл все окна Cygwin. После повторного открытия консоли настройка разрешений с помощью chown, chgrp и chmod работала как положено.