Я предполагаю, что вы имеете в виду сохранение графики в формате PNG или PDF.Вот фрагмент кода R, который показывает, как перенаправить действие печати на такие графические устройства:
WD <- "~/out" # set your output directory here
k <- 10 # 10 loops for simulated data
for (i in 1:k) {
png(sprintf(paste(WD, "Rplot%03d.png", sep="/"), i))
barplot(table(sample(LETTERS[1:6], 100, rep=TRUE)))
dev.off()
}