Расстояние Хемминга - PullRequest
       10

Расстояние Хемминга

0 голосов
/ 20 февраля 2012

Моя работа в области генетики, и я использую расстояние Хемминга (в Matlab) для вычисления генетического расстояния между генотипами вируса.

Например: Тип 1 имеет структуру 01234, а Тип 2 имеет структуру21304 и т. Д. Очевидно, что существует много генотипов.Поскольку генотипы имеют одинаковую длину, я подумал, что с использованием расстояния Хэмминга было бы хорошо.

Мой вопрос таков: как я могу заказать генотипы на основе расстояния Хемминга.Другой способ выразить это: как я могу отсортировать генотипы в кластеры, основываясь на расстоянии Хэмминга между ними?

Спасибо

1 Ответ

0 голосов
/ 20 февраля 2012

Вы можете использовать несколько методов для кластеризации таких данных.На основе матрицы расстояний вы можете использовать UPGMA или соседние соединения

Одиночная или полная связь также являются кластерными методами на основе расстояния.

...