Ответы, размещенные здесь, не совсем сработали. В основном они пропускали подписывание встроенных платформ (или включая права).
Вот что сработало для меня (предполагается, что один файл ipa существует в текущем каталоге):
PROVISION="/path/to/file.mobileprovision"
CERTIFICATE="Name of certificate: To sign with" # must be in the keychain
unzip -q *.ipa
rm -rf Payload/*.app/_CodeSignature/
# Replace embedded provisioning profile
cp "$PROVISION" Payload/*.app/embedded.mobileprovision
# Extract entitlements from app
codesign -d --entitlements :entitlements.plist Payload/*.app/
# Re-sign embedded frameworks
codesign -f -s "$CERTIFICATE" --entitlements entitlements.plist Payload/*.app/Frameworks/*
# Re-sign the app (with entitlements)
codesign -f -s "$CERTIFICATE" --entitlements entitlements.plist Payload/*.app/
zip -qr resigned.ipa Payload
# Cleanup
rm entitlements.plist
rm -r Payload/