У меня была такая же проблема, и я до сих пор не понимаю ее, но у меня что-то работает.У меня не было проблем с папками, только с файлами.Сначала я пытался установить содержимое файла при создании файла:
file.create(contents, true, monitor);
Это не сработало, и у меня возникла проблема «Ресурс не локальный».
Путем разделениянастройка контента на отдельный шаг, вдруг все заработало:
file.create(new ByteArrayInputStream(new byte[0]), true, monitor);
file.setContents(content, false, false, monitor);
Надеюсь, это кому-нибудь поможет.