Нет, я не думаю, что ваше приложение будет отклонено только потому, что ваш tableView не полноэкранный. Некоторые вещи в HIG - это правила, а не жесткие правила. Например, в настройках Apple вы можете увидеть это -
Это tableView
(тот, что справа) и не полный экран. Вот, пожалуйста ...