Вы можете попробовать добавить собственную цель MSBuild в ваш .csproj, который будет динамически добавлять файлы в проект в процессе сборки. Они не будут отображаться в IDE, но я думаю, это то, что вы хотите. Следующая цель должна добавить файл test.css, который будет включен в процесс публикации:
<Target Name="CustomContent" AfterTargets="ResolveReferences">
<ItemGroup>
<Content Include="Content\Styles\test.css"/>
</ItemGroup>
</Target>
Вы бы заменили содержимое атрибута Include на файлы, которые вы хотите добавить в развертывание. Вы также можете изменить название цели на любое другое. Он должен находиться в нижней части вашего файла .csproj, чуть выше закрытия элемента Project. Я подтвердил это в проекте MVC3, но он также должен работать и в проектах ASP.NET.