Что-то вроде этого может сделать:
(defun astyle-this-buffer (pmin pmax)
(interactive "r")
(shell-command-on-region pmin pmax
"astyle" ;; add options here...
(current-buffer) t
(get-buffer-create "*Astyle Errors*") t))
Это запустит команду "astyle" в выбранном регионе.
Или вы можете просто использовать встроенное в emacs форматирование кода, набрав что-то вроде
C-x h C-M-\
(т.е. выбрать весь буфер и запустить indent-region
)