Я предполагаю, что вы говорите о приложении AWT / Swing. Цвет индикатора выполнения, как и любого другого элемента графического интерфейса, регулируется внешним видом приложения. Swing / AWT имеют стандартизированный внешний вид, но также и те, которые сильно зависят от платформы. Для получения более точной информации предоставьте снимок экрана с индикатором выполнения, а также тот, который, по вашему мнению, должен выглядеть на панели.
Информацию о том, как настроить внешний вид, смотрите здесь:
http://docs.oracle.com/cd/E17409_01/javase/tutorial/uiswing/lookandfeel/plaf.html
EDIT:
Можете ли вы предоставить код своего приложения, в котором вы определяете индикатор выполнения? Я предполагаю, что это JProgressBar? Кроме того, какую ОС вы используете?
РЕДАКТИРОВАТЬ РЕДАКТИРОВАТЬ:
Созданный вами индикатор выполнения может изменить свой внешний вид.
http://www.java2s.com/Tutorial/Java/0240__Swing/CustomizingJProgressBarLookandFeel.htm
Поэкспериментируйте с такими свойствами:
UIManager.put("ProgressBar.selectionBackground", Color.blue);
Пока вы не достигнете результата, который вам подходит. Надеюсь, это поможет.