Должно быть возможно использовать либо веб-сайт, либо проект веб-приложения. В примере по опубликованной вами ссылке они используют предопределенный шаблон для веб-приложений ASP.Net MVC. У этого есть несколько преимуществ - он настраивает структуру и другие ресурсы для вас - это фактически шаблон.
Для целей учебника, почему бы вам просто не настроить приложение таким образом? Если вы уже написали какой-то код, вы можете просто импортировать его в новое приложение.
Для будущих проектов вы можете подумать, что лучше всего подходит для ваших нужд. Помимо структуры, существуют некоторые другие ключевые различия между веб-приложением и проектом веб-сайта.
MSDN легко предоставляет различия здесь:
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/dd547590.aspx
Если вы считаете, что вам нужны функции веб-приложения, то ссылка, которую вы разместили, подойдет. Вам нужно будет провести некоторую реорганизацию ваших ссылок и так далее, и тому подобное, но процесс довольно прост (но не безболезнен).