CI Active Record изначально не поддерживает подзапросы. Но вы можете включить библиотеку подзапросов , например , и использовать ее. Я раньше не использовал эту библиотеку, поэтому она не проверена. Но этого должно быть достаточно, чтобы вы начали.
$this->db->select()->from('query')->group_by('id');
$sub = $this->subquery->start_subquery('select');
$sub->select()->from('index')->order_by('created_at', 'DESC');
$this->subquery->end_subquery('query');