Основываясь на ваших комментариях, я предполагаю, что у вас есть скрипт для создания пути к классам из файлов в каталоге "lib".
В этом случае наиболее вероятной проблемой является то, что Windows использует точку с запятой (";") в качестве разделителя пути к классам, а Linux использует двоеточие (":").
Случайно, я не знаю решения, которое работает в обеих средах. Обычный подход заключается в создании «runme.sh» для Linux и «runme.bat» для Windows.