Измените свой код на это и дайте мне знать, как он себя ведет (после очистки кэша вашего браузера):
Options +FollowSymLinks -MultiViews
# Turn mod_rewrite on
RewriteEngine On
RewriteBase /
# Unless directory, remove trailing slash
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.+)/$ $1 [R=302,L]
# Redirect external .php requests to extensionless url
RewriteCond %{THE_REQUEST} ^(.+)\.php([#?][^\ ]*)?\ HTTP/
RewriteRule ^(.+)\.php$ $1 [R=302,L]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME}\.php -f
RewriteRule ^(.*)$ $1.php [L]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-l
RewriteRule ^(.*)$ profile.php?u=$1 [NC,L]
Как только вы убедитесь, что оно работает, измените R=302
на R=301