Извините, я использую WiX 3.5 и не могу воспроизвести вашу проблему.Я создал пример решения с библиотекой классов под названием «Foo.Bar» и модулем слияния со ссылкой на проект для «Foo.Bar».
Мой wixproj выглядит следующим образом:
<ItemGroup>
<ProjectReference Include="..\Foo.Bar\Foo.Bar.csproj">
<Name>Foo.Bar</Name>
<Project>{0bd367ce-5072-4161-8447-ff4deed97bd4}</Project>
<Private>True</Private>
<DoNotHarvest>True</DoNotHarvest>
<RefProjectOutputGroups>Binaries;Content;Satellites</RefProjectOutputGroups>
<RefTargetDir>INSTALLLOCATION</RefTargetDir>
</ProjectReference>
</ItemGroup>
Мой WXS выглядит так:
<Binary Id="TEST" SourceFile="$(var.Foo.Bar.TargetPath)"/>