По сути, Microsoft сделала все возможное, чтобы обеспечить запуск ASP.Net на сервере Microsoft.
Тем не менее, вы должны иметь возможность запускать как минимум некоторые .aspx скрипты на сервере Apache, используя mod_mono.
В: Вы уверены, что правильно установили плагин mod_mono?
В: Вы уверены, что настроили Apache для распознавания плагина mod_mono и запуска его для файлов .aspx?
Вот еще несколько ссылок, которые могут вам помочь:
Обратите особое внимание на советы по устранению неполадок в нижней части ссылки на Ubuntu.