Я думаю, что гораздо лучший подход - сохранить XML-файл в каталоге установки приложения, а затем, при запуске приложения, скопировать файл в соответствующий каталог.
Основная проблема заключается в следующем: чтоесли пользователь, которого не было на компьютере, когда он был установлен, запускает приложение?
Поскольку ваш установщик не скопировал файл в их каталог (потому что он не существовал), ваше приложение должно было бы либо что-то сделать, либо все равно потерпеть неудачу.