Независимо от того, в каком дереве вы находитесь, где запускаете команду и т. Д., Скрипт импортирует первый модуль django, который он находит в пути python.
Очевидно, у вас установлен django 1.4 где-то на вашем пути.
Вы должны удалить его.
import django
print(django.__file__)