Поскольку вы не предоставляете код, я отвечу с понятием.
В случае удаления всех проверенных элементов вы должны получить позицию этих проверенных элементов и удалить их из массива, который вы передали адаптеру (независимо от того, какой адаптер вы использовали), затем использовать функцию adapter.notifyDatasetChanged();
и они будет удален из списка.