Посмотрите пример AJAX в документации flot .
По существу, шаги:
1.) Извлечь из базы данных.
2.) Поместить данные в массив ключ / значение PHP в форме:
$dataSet1 = Array();
$dataSet1['label'] = 'Customer 1';
$dataSet1['data'] = Array(Array(1,1),Array(2,2)); // an array of arrays of point pairs
$dataSet2 = Array();
$dataSet2['label'] = 'Customer 2';
$dataSet2['data'] = Array(Array(3,3),Array(4,5)); // an array of arrays of point pairs
$returnArray = Array($dataSet1, $dataSet2);
3.) Вернувшись в свой javascript, получите эту строку в кодировке json как переменную JS:
var data = <?php echo json_encode($arr); ?>;
4.) Вернувшись в свой javascript, вызовите метод flot plot с этой переменной данных:
$.plot($("#placeholder"), data, options);