Короткий ответ: нет, SQL CLR Integration, вероятно, не стоит проблем.
Более длинный ответ имеет несколько моментов, начиная с программирования CLR в базе данных. Это хороший инструмент, при правильном использовании, но он увеличивает потребление памяти и может привести к проблемам с производительностью, если не все сделано правильно. Я использую его в своей базе данных для очень специализированных функций, таких как добавление возможности RegEx, но он используется редко, с хорошо протестированным кодом, чтобы предотвратить появление как можно большего количества проблем.
Во-вторых, как вы указали, вам нужно изменить безопасность, открывая потенциальные риски.
Используйте отдельное приложение для загрузки данных на ваш сервер. У вас будет больше контроля, меньше риска и намного проще.