Я бы не стал сразу думать, что это проблема вашего приложения. Если система на базе Windows смотрит на антивирусный сканер, любой планировщик обновлений, запущенный в то время.
Убедитесь, что журналы переворачиваются, а отладка фильтруется должным образом, чтобы они не выходили из-под контроля.
Проверьте снимки sql на наличие длительных запросов.Проверьте загрузку БД и кучу БД.
Если у вас какое-то время запущена Visual VM, убедитесь, что у вас есть несколько потоков, готовых принять работу / соединения, будут отображаться желтым цветом (в режиме ожидания).
Выстрел в темноте Анализатор памяти Eclipse
Возьмите дамп кучи, когда вы заметите замедление, и пропустите его через анализатор.
Если в системе на основе Unix проверьте файловые дескрипторы ulimit -a, чтобы убедиться, что процесс java не исчерпал себя.
Проверьте параметры TCP NO Delay и Nagle limit на сервере.