Просто очистите элемент оболочки, поместите новый контент внутрь, а затем запустите подсветку синтаксиса для этого нового кода.
Не должно быть проблем с памятью. Afaik, Syntax Highlighter просто создает структуру DOM (таблицу с DIV и т. Д.) На основе вашего блока кода. Когда вы удаляете эту таблицу из DOM (например, wrapper.innerHTML = '';
), все эти элементы являются сборщиком мусора.