Неа. Вы не можете скрыть предупреждение - и это хорошо, потому что также нет способа (пока) создать приложение AIR, которое не не имеет полного доступа к файловой системе пользователя. Теоретически, любое приложение AIR может удалять случайные файлы, не сообщая об этом пользователю, поэтому предупреждение совершенно необходимо. Я считаю, что ограниченные приложения AIR - это то, что Adobe планирует на будущее, но пока ничего.
Единственное, что вы можете контролировать в этом диалоговом окне, это то, что если вы подпишете свое приложение сертификатом, которому доверяет пользователь, тогда ваше имя появится в поле «Издатель». Иначе это будет «неизвестно».
(Обратите внимание, что если пользователь устанавливает ваше приложение, то в будущем при его обновлении вы можете заменить пользовательский диалог. Но при первоначальной установке вы застряли со стандартным.)